Климат в Японии, за исключением острова Хоккайдо, умеренный, с четырьмя чётко различимыми временами года и двумя периодами дождей — весной и осенью. Зимой (декабрь-февраль) температура на равнинах вдоль побережья, как правило, выше нуля, погода солнечная, с сухим воздухом. Весна (март-май) начинается с цветения сливы, а расцветание сакуры с конца марта по начало апреля означает самый разгар весны. Лето (июнь-август) начинается с сезона дождей «баю» («сливовый дождь»), который длится 3–4 недели. В южной части Окинавы сезон дождей начинается в середине мая, а в районе Тохоку на севере острова Хонсю — в середине июня, и заканчивается в середине июня и июля соответственно. С июля наступает настоящая летняя жара. Осень (сентябрь-ноябрь) приносит свежий ветер и комфортную температуру.
Лучшее время для поездки в Токио — период с конца марта по май или октябрь-ноябрь.
Более 70% суши Японии составляют горы. Около 200 горных вершин — вулканы, из них 67 считаются «живыми»: действующими или спящими. За год в Японии происходит несколько тысяч землетрясений, бывает до 20 толчков в день. Но в большинстве случаев их сила настолько мала, что её может зафиксировать только высокоточное оборудование сейсмических станций.